捷運系統是都市交通的重要命脈，不過各地捷運的支付方式都不同。像是台北捷運啟用最早，但也因此更新不易，除了4大票證外尚不接受信用卡交易；高雄捷運為首家支援信用卡感應的運輸系統，更可掃描LINE Pay Money乘車碼搭乘；桃園捷運連結機場國門，可使用信用卡感應及「桃捷Tickets」支付；台中捷運暫時只可使用3大電子票證。
台北捷運於1996年正式營運，是台灣最早的捷運系統，支付方式從原本的現金購票，增加至接受悠遊卡、一卡通、icash2.0與HappyCash有錢卡等4大電子票證感應乘車。但因目前站點多達131個，有超過千個閘門，每日人流至少200萬人，更新成本過高與施工時間過長，成為拓展支付系統的最大困難點，以致信用卡感應、手機掃碼都無法跟上時代演進。
為提供大台北通勤族更多元的支付方案，悠遊卡公司首先與三星合作打造「Samsung Pay悠遊卡」，使用指定三星手機就能下載虛擬悠遊卡，模擬悠遊卡的感應格式，不用開機、不須解鎖螢幕即可感應進站。悠遊卡電子支付服務「悠遊付」提供「嗶乘車」功能，使用Android 6.0以上系統的NFC手機，即可感應通過閘門，更能綁定1,280定期票。
高雄捷運可說是「最開放」的運輸系統，不僅接受4大電子票證，更是全台首個支援信用卡感應交易的捷運系統，目前接受Visa、萬事達卡、JCB與銀聯卡感應乘車，也可使用Apple Pay、Google Pay、Samsung Pay等進站，不過若轉乘高雄輕軌則須注意，現階段尚未開放使用信用卡支付。而閘門設有掃碼區，開放LINE Pay Money的乘車碼交易。
桃園捷運是串接大台北與機場的重要交通系統，在支付方案上同樣多元，包含4大電子票證、信用卡感應支付，並開發自有掃碼服務。手機下載「桃捷Ticket」APP，設定好起訖站點，並輸入信用卡支付資訊，就能完成線上購票，以掃碼方式進出站，但近期系統正修護中，暫時停止使用。
至於，目前因車輛異常暫停試營運的台中捷運，只接受悠遊卡、一卡通與icash2.0等3大電子票證支付，且因閘門有保固1年的限制，無法加裝硬體設備，因此沒有信用卡感應或行動支付掃碼的方案。不過，台中市政府將於2021年推動台中市「交通卡」，設籍台中或在台中就學的學生、新住民配偶，綁定電子票證就能享有公車10公里內免費、超過10公里車資上限10元優惠。悠遊卡公司響應釋出福利，年底前完成悠遊卡綁定，除了回饋88元外，還舉辦抽獎送出iPhone 12、三星S20+與1萬元儲值金。
淡海輕軌藍海線已於11月正式營運，全線接受悠遊卡、一卡通、icash2.0等電子票證交易，同時開放LINE Pay Money乘車碼、悠遊付等行動支付，信用卡交易則由萬事達卡搶下頭香，可使用萬事達卡信用卡或Debit卡感應支付，須等到獨家期結束後，Visa、JCB等國際卡組織也可進駐。
全台各大捷運系統適用支付方案，如下表：
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