儘管國內疫情趨緩，但仍有不明感染源個案，因此中央流行疫情指揮中心宣布第二級疫情警戒延續至10月4日。今(19)天新增12例新冠肺炎確定病例，分別為1例本土及11例境外移入，另增1例死亡。累計16,141例確診，本土14,576例、境外移入1,511例及840例病歿。
新增1例本土病例為日前台北市1名確診20多歲女性第16227案的母親，入住醫院採檢時為陰性，9月17日由衛生單位再安排採檢，於今日確診、CT值34；已匡列16名醫院接觸者，採檢結果均為陰性。台北市衛生局表示，目前第16227案感染源尚待釐清，因個案抗體檢驗結果為陽性，中央研判是舊案。
11例境外移入分別自美國(2例)、俄羅斯、宏都拉斯、新加坡、加拿大、捷克、波蘭、緬甸、南非及柬埔寨入境，入境日介於9月5日至17日，皆持有搭機前3日內檢驗陰性報告。
1例死亡個案為本國籍70多歲男性，7月9日於柬埔寨出現發燒及呼吸困難症狀，當日就醫檢查發現有肺炎情形，7月19日於柬埔寨當地住院治療，7月28日搭乘醫療專機抵臺後即送醫治療並採檢，7月29日確診，9月10日死亡。
考量國內疫情趨緩，但仍出現不明感染源的本土病例，疫情指揮中心與相關單位溝通討論及評估後，公告自9月21日至10月4日維持疫情警戒標準為第二級。但有條件放寬會展及宴席活動，室內80人、室外300人，若是室內空間很大，扣除固定設備外，人流管制以樓地板面積為2.25平方公尺計算為1人。
至於會展場館及從業人員自主防疫管理措施，相關從業人員須造冊，應有6成以上已完成施打第1劑以上疫苗、從業人員分流上班計畫，以及會展場館環境清潔消毒，場館每2小時應定時進行新鮮空氣換氣作業等。
另外，新北市幼兒園群聚匡列3,597人，全數完成採檢，其中3,491人陰性，28人陽性，尚有75人檢驗中，疫情指揮中心研判，目前疫情沒有外擴情形，但社區感染仍要觀察至9月22日。而桃園航空站清潔人員確診案例匡列397人，其中396人陰性，尚有1人待採檢，目前控制情形仍良好。
隨著各種國際疫苗陸續到貨，再加上流感疫苗也將在10月1日開打，國內將首度出現5款疫苗，AZ、莫德納、BNT、高端及流感疫苗同時在10月施打的情況。防疫指揮官陳時中建議，避免同時施打流感與新冠疫苗，兩種疫苗最好要間隔7天以上。
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