特偵組將二次金改弊案偵結起訴，在起訴書中，檢方明白指出國泰、元大兩家金控公司，都曾經行賄前總統陳水扁。檢方認定，陳水扁在兩家金控手中，總計收受六億一千萬元的賄賂。
檢方指出，1999年總統大選前，當時擔任霖園集團(國泰金前身)特別顧問的蔡鎮宇，與前總統陳水扁為台灣大學法律系的大學同學。陳水扁當年透過前立委葉菊蘭，以選舉為名，成功向蔡鎮宇募款一億元。扁於2000年首度當選後，當時對金融體系仍不瞭解，但隔了一年，扁在九、十月間，以霖園集團資本雄厚，即將成立國泰金控為理由，開始向蔡鎮宇索討金錢。
扁在2001年底先以選舉為由，要求蔡鎮宇給一億元。蔡鎮宇當時認為國泰金即將成立，有許多需要政府幫忙的地方，所以如數交付。而後陳水扁果然在國泰合併世華過程中，鼎力協助。
因此2002、2003、2004年底，當扁又以選舉為由，開口索討一億元時，蔡鎮宇感念扁的協助，並基於日後可能仍有求於政府，所以再交付賄款，總計交付四億元賄款。一直到了2005年，扁又開口要錢，但蔡鎮宇認為當時政黨對立、政治紛擾，為免與政治牽扯過深，不願交付賄賂，扁並沒有得逞。
至於元大行賄部分，2004年下半年，元大有意合併復華金控，但當時已經取得開發金經營權的辜仲瑩，憑藉著大華證券的雄厚實力，也傳出對復華金控有意思。元大馬家為了順利合併，因此透過元大證券董事杜麗萍，在2004年11間，送了兩億元現金進總統官邸，交給前第一夫人吳淑珍。
而後吳淑珍撥打電話痛罵辜仲瑩，指稱辜仲瑩要與國民黨交易，所以她要修理辜仲瑩，隨即掛上電話，留下一臉錯愕的辜仲瑩，並打消入主復華金的念頭。
2005年4月，元大合併復華金已成定局，同時間前第一公子陳致中結婚，元大馬家遂透過海外管道，送了美金十八萬六千元，合新台幣六百萬元的紅包，當成賀禮，但檢方未將這六百萬元認定為貪污不法所得。
當年7月間，元大金、復華金談換股過程中，元大馬家又送了一千萬元給扁，讓扁指示當時的財政部長林全，安插另一家財務顧問，使元大金取得較有利的換股比例。
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