10月15日起公費流感疫苗開打，有不少民眾也自主性至醫院施打流感疫苗，造成四價流感疫苗供不應求。不過，台北市衛生局卻接獲通報，台北市聯合醫院至社區設立流感疫苗接種站時，發現1劑目測外觀明顯變色的流感疫苗。
台北市聯合醫院林森院區於10月24日通報，至社區設立流感疫苗接種站時，發現1劑流感疫苗目測外觀明顯變色。經疾管署派員至疫苗倉儲實地查看，未配送的同批號疫苗，並未發現其他疫苗有類似情形，接獲配送同一批號疫苗的縣市，包括雙北市、新竹縣市、桃園市、苗栗縣、台中市等7個地方衛生局，暫停配發疫苗。
根據統計，同批號疫苗驗收約30萬劑，已配送至地方政府衛生局共19萬餘劑，尚有10萬餘劑尚未配送。疾管署已於10月26日上午10時邀集專家、衛生福利部食品藥物管理署、台北市政府衛生局及疫苗廠商召開會議，確保疫苗品質及接種安全。
疾管署表示，為確保民眾接種安全，已通知獲配同批號疫苗的7個地方政府衛生局暫停使用，並轉知轄區獲配同批號疫苗的合約醫療院所，配合暫時停用並檢視疫苗外觀，如有發現變色等類似情形須主動通報。
目前同批號疫苗的施打數為3萬2千人，其中桃園市2萬多人，台中市4千多人，新北市0人。疾管署提醒，一般剛打完疫苗可能會有輕微發燒及局部微腫，2、3天內就會消失，若持續有紅腫熱痛、發燒、頭暈等不適症狀時，且持續發燒38.5度以上，應儘速就醫。
此外，今(2018)年四價流感疫苗進貨量已較去(2017)年增加一倍，但因民眾施打踴躍，市場需求超乎預期，目前除臨床端仍有部分現貨外，已有超過8萬劑正加速檢驗程序，預計11月初可供民眾施打。
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