台北市有淡水河、新店溪等幾條河流貫穿，動植物生態相當豐富，除了泥沼濕地常見的水筆仔，還有台灣特有種土肉桂等800多種植物，鳥類生態中除了候鳥，八哥、野鴿、埃及聖䴉成群長期定居外，蝴蝶、蜻蜓、兩棲類、爬蟲類更是展現蓬勃生命力。
台北市工務局水利工程處102年開始調查河濱公園生態資源，已調查完成淡水河、新店溪、景美溪及雙溪河濱公園，調查成果建置為「台北市河濱生態資訊網」，開放大眾查詢。網站提供免費下載解說摺頁、導覽手冊電子檔，民眾可隨身攜帶到河濱仔細找找、親眼見證。
水利處說明，調查迄今已紀錄到863種植物，其中台灣特有種土肉桂用途廣泛，例如可樂飲料中獨特的香辛風味，就是出自肉桂中的肉桂醛。另外，從關渡水岸公園一路上溯到新店溪的華中橋下都有水筆仔。
至於河濱鳥類已發現134種，每年10月至隔年4月適逢冬候鳥過境度冬，鳥類豐富最適合賞鳥。其中，屬於第二級珍貴稀有保育類的鳥種，以八哥數量最多，且有穩定留鳥族群，還有6種外來種鳥類數量也相當多，且都在台北的河濱地帶繁殖族群，分別是野鴿、白尾八哥、家八哥、黑領椋鳥、埃及聖䴉及輝椋鳥。
還有兩棲類18種，包含保育類台北樹蛙和特有種翠斑草蜥，也有外來入侵種斑腿樹蛙；爬蟲類22種，如保育類飯匙倩(眼鏡蛇)。還有蝴蝶62種、蜻蜓32種，以及底棲生物43種。
同時，水利處調查河濱公園生態資源，透過分析建立各區位的指標物種，作為後續環境規畫、利用及生物多樣性資源管理依據，106年將繼續調查基隆河系河濱公園生態，預計107年完成。
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